こんにちは、チャンク内のテキストが同じであれば、2つのベクトルが同じになるのは当然です。
環境について少しお伺いしたいのですが。Dify Cloudをご利用ですか、それともDifyをセルフホストされていますか？どの埋め込みモデルを使用していますか？セルフホストされている場合、どのDifyバージョンとどのベクトルデータベースを使用していますか？
また、別の投稿が直感に反する動作をしているようです。
私の環境ではこの問題を再現できないため、ベクトルデータベース内のデータに何らかの不整合がある可能性があります。
新しいナレッジベースをゼロから作成し、同じドキュメントをアップロードして、問題がまだ発生するかどうかを確認していただけますか？